《新世纪福音战士》是日本GAINAX公司原作的人气动漫，该作以革命性的强烈意识流手法，大量宗教、哲学意象的运用，在日本社会掀起被称为“社会现象”程度的巨大回响与冲击，并成为日本动画史上的一座里程碑，同时被公认为日本历史中最伟大的动画之一。
绫波丽是《新世纪福音战士》中的女主角，其身世含有诸多的谜团，她是NERV选出的EVA第一适格者，零号机的专属驾驶员，以14岁的年龄就读于第三新东京市市立第一中学2年A班。
《绫波育成计划》的故事是由EVA故事展开的前一年开始的，进入NERV机关的玩家你，原本是一名放弃教育生涯的教师。进入NERV之后，接受的任务就是对凌波丽进行培养，同时参与到对使徒侵袭工作的反抗中来。
但是，随着剧情的发生，你逐渐发现这一切并不是那么简单，而你和绫波的关系倒是越走越近……游戏一共经历一年的时间，直到补完发生，结局出现为止。
中间的大大小小事件尽量保持了原作风格，以章节来划分段落，同时穿插着绫波和玩家之间的各式各样的事件。与其说玩家，不如说绫波是真正的主角，许多事件都以绫波的角度去描绘。换了一个角度后，不但增加了新鲜感，并且同样的情节也让人有了更深一个层次的认识。
凌波丽：本作的女主角，是玩家的育成对象。冷漠的红色瞳孔中缺乏人类的感情，能否扭转这位少女的命运就要看玩家的了。
碇真嗣：原版作品的男主角，本作中也有了不小的戏份。个性懦弱，对于困难的事情往往以逃避的心态，随着故事渐渐改变。
明日香：EVA二号机的驾驶员，在动漫作品中非常常见的傲娇型少女。对真嗣怀有特殊的感情，也是影响剧情的重要人物。
碇源堂：NERV的司令官，同时也是真嗣的父亲。无视人性与感情，冷静到令人感到恐惧，也是原作中的幕后黑手之一。
时间从2015年4月1日开始至2016年3月31日止，玩家每个星期天前往绫波丽家与丽见面，并计划每周一至周六的行程。有时候允许有不同的活动，而在另一些日子里行程已被固定；比如丽需要按时去学校考试，或参加NERV的训练。与使徒战斗会中断活动。
游戏进行期间会统计丽的各项能力值，如智力、体力、品德、同步率、好感度。各项能力值将决定结局。
玩家可以教给丽新单词和短语，这可加强丽的会话能力。在PS2版，玩家不能教给明日香新词汇。
NERV每月发给玩家养育费2万元。游戏中有8家不同种类的商店。在星期日，玩家可以选择用自己的钱去购物，大至丽公寓的家具，小至衣服和食物。这些物品将影响到丽的能力值。玩家想要让她穿着玩家所指定的服装，要先取得她的同意。
使徒会不定期来袭，此时丽必须驾驶零号机迎击。战况会随着丽的能力值的高低而异。玩家不能控制丽去战斗，只是有机会说一些鼓励的话，这些话对战斗本身没有影响。
丽可参加一些活动，如圣诞节派对、校园活动、前往温泉或公共浴池等。有时，丽也会生病，玩家可以选择让她留在家里、由他来照顾她；也可以把她带到NERV去接受专业治疗。
